Association ¶
- Association to Gene Expression Phenotype
- Quantitative Trait Loci (QTL) - R package http://www.rqtl.org/
- general SNP data analysis
- not execute gene expression data
2008-04-08 ¶
- gene expression과 cnv window size별로 자료 구분
- 같은 window size의 자료를 평균로 구함.
2008-04-10 ¶
- 각 chromosome에서 공통된 window size의 자료를 가지고 R^2를 구한결과 가장 큰 값은 0.4866312
- cnv자료의 값이 0인 경우는 simple linear regression 구할 수 없음
2008-04-11 ¶
- cnv 자료에서 모든 표본이 '0'인 경우 삭제, gene expression 자료는 음수인 경우 '0'으로 대체해서 window size의 반복실행한 결과 max(R^2)=0.6195708
- 두 자료의 window size별로 반복 실행되므로 39분 소요됨.
2008-04-14 ¶
- 각 gene을 표본에 대해서 permuation하여 p값 구하기 ...
- univariate t-test의 p값 ...
- corrected p-value ?
2008-04-15 ¶
- gene expression 자료를 permutation한 R^2가 원래의 R^2값보다 큰 빈도수 구하기 ...
- 원래의 R^2 > 0.1 보다 큰 자료를 가지고 permutation...
2008-04-16 ¶
- 원래의 R^2 > 0.1 보다 큰 자료를 가지고 permutation하면 시간이 오래걸림
- R^2 > 0.3 과 R^2 > 0.2 인 경우 실행
- R^2 > 0.1은 주말에 실행 예정
2008-04-17 ¶
- GBM_SNP의 Top50인 결과, CBS 결과와 CNV+Gene 결과 비교
2008-04-18 ¶
- GBM_SNP의 Top50인 결과, CBS 결과와 CNV+Gene 결과 비교
- 공통적인 chromosome의 position 찾기
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