개인용 컴퓨터는 보통 수은전지나 충전지로 작동되는 하드웨어 시계를 갖추고 있다. 이런 시계는 전지로 작동되기 때문에, 컴퓨터에 전기가 공급되지 않더라도 계속 움직이는 것이 가능하다. 하드웨어 시계는 BIOS 셋업 화면에서 조정할 수도 있고, 운영체제를 통해서도 조정할 수가 있다.
리눅스 커널도 자체적인 시계를 돌리고 있는데, 이것은 하드웨어 시계와 관계없는 독립적인 것이다. 다만, 부팅될 때만 커널 시계를 하드웨어 시계에 맞추는데, 그 이후에는 서로 독립적으로 작동한다. 리눅스가 자체 시계를 쓰는 이유는, 하드웨어 시계가 느리게 가거나 오작동할지 모르기 때문이다.
커널 시계는 언제나 세계 표준시(universal time)를 출력한다. 따라서 커널은 지역 시간대에 대해선 알 필요가 없다. 이런 단순성은 신뢰도를 높여주며 지역 시간대 정보를 업데이트하기도 쉽게 해준다. 따라서 각각의 프로세스들은 지역 시간대로의 변환을 스스로 해야한다(이런 작업은 time zone 패키지의 표준 설비들을 사용해 이루어진다).
하드웨어 시계는 세계 표준시간에 맞춰 둘 수도 있고 지역시간에 맞춰 둘 수도 있다. 보통 세계 표준시에 맞춰두는 것이 편리한데, 왜냐면 일광 절약시간 같은 것에 신경쓸 필요가 없기 때문이다(세계 표준시간에는 일광 절약시간 같은 것이 없다). 그렇지만, 불행하게도 어떤 PC 운영체제 -- MS-DOS, Windows, OS/2 같은 것 -- 들은 하드웨어 시계가 지역 시간에 맞춰져 있는 것으로 가정하기도 한다. 리눅스는 지역 시간에 맞춰진 하드웨어 시계도 다룰 수 있지만, 이렇게 했을 경우에는 일광 절약시간이 시작하고 끝날 때마다 시계를 다시 맞춰주어야만 한다(안그러면 시간이 틀리게 된다).