이제 윈도우 매니저를 선택하여야 한다. X 윈도우 시스템은 컴퓨터 하드웨어에 그래픽이 나타나게 해주는 기능만을 담당한다; 그리고 윈도우 매니저는 X 가 어떤 모습으로 보일 것인지 그리고 사용자와 응용 프로그램과는 어떻게 상호 동작할 것인지를 책임진다.
리눅스의 레드햇 버전에는 fvwm, olvm, twm, AfterStep 등 여러개의 윈도우 매니저가 들어있다. 처음 X 를 띄울 때 보게 될 디폴트 윈도우 매니저는 윈95와 유사한 환경을 제공하는 fvwm95 이다.
개인적으로 보면 내 취향과 일반적인 제안은 다르긴 하지만, 나는 그놈 (GNOME) 또는 KDE (또는 둘다!) 를 추천한다. 이들의 설치에 대하여는 다음 두개의 섹션에서 다룰 것이다.