터미널 상태에서 시스템을 종료시키려면, "루트" 계정으로 로그인하거나 "su" 하여야 한다. 그리고 나서 ``/sbin/shutdown -r now'' 라고 타이핑한다. 모든 프로세스가 종료되고 난 뒤 리눅스가 종료되기까지는 몇 분이 걸린다. 컴퓨터는 스스로 재부팅할 것이다. 만약 콘솔앞에 앉아 있다면 좀 더 빠른 방법으로서 <Ctrl>-<Alt>-<Del> 를 눌러도 된다. 리눅스가 완전히 끝나는데 까지는 몇 분이 걸리므로 제발 인내심을 갖고 기다려주기 바란다.
시스템을 종료시켜서 멈추도록 (즉, 종료시키고 난 뒤 곧바로 재부팅하지 않는 것) 할 수도 있다. 다시 전원을 넣어주거나 <Ctrl>-<Alt>-<Del> 를 눌러서 재부팅하지 않는한 시스템을 사용할 수 없는 상태로 된다. 이는 시스템을 완전히 꺼서 다른 곳으로 옮긴다든지 할 때 유용하다. 이렇게 하려면, "루트" 계정으로 로그인하거나 "su" 한 뒤 ``/sbin/shutdown -h now'' 라고 타이핑하면 된다. 리눅스는 스스로를 종료시킨 후 "System halted" 라는 메시지를 보여준다. 이때부터는 컴퓨터의 전원을 꺼도 된다.
관리자가 콘솔에 있는 경우에만 시스템을 종료시키는 것이 좋다. 물론 원격지에서 쉘 세션을 통하여 종료시키는 것도 가능하면 문제가 생겨서 시스템이 제대로 재시작하지 못하는 경우 어차피 시스템이 있는 곳까지 가서 어떤 조처를 취해야 하기 때문이다. (하지만, 나의 경우에는 한번도 이런 문제가 생긴 적은 없었다.)
시스템이 부팅하면, 리눅스는 자동으로 시작되며 네트웍 지원, 인터넷 서비스를 포함한 모든 필요한 서비스를 자동으로 올려준다.
작은 정보: 팁: 만약 모든 온라인 사용자 (온라인이란 쉘 계정으로 로그인하였다는 의미이다) 에게 어떤 경고 메시지를 보내고 싶다면, "now" 대신에 적당한 시간 값을 넣어주면 된다. 물론, 시스템 종료 경고 메시지도 바꿀 수 있다. 예를 들어, ``/sbin/shutdown -r +5 Hardware upgrade'' 라고 하면 하드웨어 업그레이드를 위해서 시스템을 종료한다는 것을 사용자에게 알릴 수 있다. 그리고 사용자가 결정적인 시간이 다가오기 전까지 필요한 파일을 닫고 로그 오프하도록 주기적으로 계속 경고 메시지를 보내주게 된다.