--enable-large-site=y 는 mysql을 사용할때만(--enable-mysql=y) 해당되는 것이며, 차이점은 --enable-large-site=y 의 경우 도메인마다 각기 다른 db 테이블을 생성하게 된다. 기본적으로는 한개의 테이블에서 모든 도메인과 이메일 계정을 관리한다.
vpopmail의 제작처인 inter7.com 의 설명에 의하면 이 옵션은 소수의 도메인에 매우 많은 수의 이메일 계정을 가지고 있을때 이 옵션을 권장한다. 하지만 반대로 매우 많은 수의 도메인에 소수의 이메일 계정이 있다면 이것은 좋지 않은 옵션이다.
vpopmail 5.0이상은 --enable-large-site 옵션이 --enable-many-domains 으로 변경되었다.