SSL이 웹의 기능을 확장하기 위해 생겨났다면, 다른 프로토콜들도 SSL을 사용하여(Encapsulate) 암호화된 프로토콜로 만들 수 있을 것이다. 현재 이렇게 만들어진 프로토콜들이 IMAPS, POPS, SMAPS 등등이 있다. (역주:끝에 S만 추가되었다) 이러한 보안 프로토콜은 기존의 프로토콜과는 다른 포트(Port)를 사용하게 된다. SSL은 이런 프로토콜뿐만 아니라 어떠한 데이터의 전송에도 접목해서(Encapsulate) 사용할 수 있다. S/Mime은 바로 이러한 역할을 하는 프로토콜이다. 그것을 사용하면 일반 e-mail 메시지를 받는 사람의 Public Key를 이용해서 암호화할 수 있다. 그러므로 S/Mime을 사용하기 전에 반드시 받는 사람의 Public Key를 웹이나 저장소(Repository), e-mail을 통해서 받아야 한다. (e-mail을 사용할 때는 그 사람이 정확한 사람인지 확인하기 위해 인증서와 함께 받는 것이 좋다.)
또한 반대방향으로 클라이언트가 서명된 인증서를 서버쪽으로 보낼 수도 있다. 예컨데 웹브라우저가 웹서버로 인증서를 보낼 수 있다. 이렇게 하려면 모든 사람이 인증 기관 웹사이트에서 브라우저 인증서를 받아야 한다. 그리고 나서 서명된 인증서가 Private Key로 암호화되어 전송되고, Public Key로 복호화된다.